Pas Ndikimit të Katërt, të bllokuar pa Ungjillorët e tyre, Shinji, Asuka dhe Rei gjejnë strehim në një nga xhepat e rrallë të njerëzimit që ekzistojnë ende në planetin e shkatërruar Tokë. Atje, secili jeton një jetë shumë të ndryshme nga ditët e tyre si pilot i Evangelion. Megjithatë, rreziku për botën është larg nga fundi. Një ndikim i ri po afrohet në horizont—i cili do të provojë të jetë fundi i vërtetë i Evangelion.