I inkuadruar për krime kundër vendit, G.I. Ekipi i Joe përfundon me urdhër të Presidentit. Kjo detyron G.I. Joes jo vetëm për të luftuar armikun e tyre të vdekshëm Kobrën; ata janë të detyruar të përballen me kërcënimet nga brenda qeverisë që rrezikojnë vetë ekzistencën e tyre.