Ninja Assassin ndjek Raizo, një nga vrasësit më vdekjeprurës në botë. I marrë nga rrugët si fëmijë, ai u shndërrua në një vrasës të trajnuar nga Klani Ozunu, një shoqëri sekrete, ekzistenca e së cilës konsiderohet një mit. Por i përhumbur nga ekzekutimi i pamëshirshëm i mikut të tij nga Klani, Raizo shkëputet prej tyre dhe zhduket. Tani ai pret, duke u përgatitur për të marrë hakmarrjen e tij.