400 vjet në të ardhmen, sëmundja ka zhdukur shumicën e popullsisë së botës, përveç një qyteti të rrethuar me mure, Bregna, i sunduar nga një kongres shkencëtarësh. Kur Æon Flux, operativja kryesore në rebelimin e nëndheshëm 'Monican', dërgohet në një mision për të vrarë një udhëheqës qeveritar, ajo zbulon një botë sekretesh.