Pas rishkrimit të universit nga Madoka, duke sakrifikuar veten dhe ditët e saj të lumtura normale për të shpëtuar të gjitha vajzat magjike nga fati mizor që i priste duke zhdukur shtrigat nga ekzistenca, dëshpërimi ende shfaqet në krijesa të njohura si makthe. Vajza magjike Homura Akemi vazhdon të luftojë e vetme me shpresën se do të mund ta shohë sërish Madokën të buzëqeshë.