Pas Ndikimit të Dytë, Tokio-3 po sulmohet nga përbindësha gjigantë të quajtur Engjëj që kërkojnë të zhdukin njerëzimin. Objektivi i fëmijës Shinji është të luftojë engjëjt duke pilotuar një nga njësitë misterioze të mekanizmit Evangelion. Një ribërje e gjashtë episodeve të para të serialit të famshëm anime të GAINAX të vitit 1996. Filmi u rititullua "Evangelion: 1.01" për publikimin e tij në DVD dhe "Evangelion: 1.11" për një publikim me skena shtesë.