Historia zhvillohet në vitin 2027, një vit pas përfundimit të luftës së katërt jo-bërthamore. New Port City është ende duke u rrëmbyer nga pasojat e luftës kur pëson një bombardim të shkaktuar nga një minë vetëlëvizëse. Më pas, një pjesëtar ushtarak i implikuar në ryshfet me tregti armësh vritet. Gjatë hetimit, Daisuke Aramaki i Seksionit të Sigurisë Publike ndeshet me Motoko Kusanagi, kiborgun, hakerin e nivelit magjistar i caktuar në Njësinë Sekrete 501 të ushtrisë. Batou, një burrë me "syrin që nuk fle", dyshon se Kusanagi është ai që qëndron pas bombardimit. Detektivi i policisë prefekturale të Niihamës, Togusa, po ndjek rastet e tij të dyfishta të vdekjes me armë zjarri dhe vrasjes së një prostitute. Vetë Motoko po vëzhgohet nga kreu i Njësisë Sekrete 501, Kurutsu dhe agjentë kiborg.