Historia zhvillohet në vitin 2034, dy vjet pas ngjarjeve në Ghost in the Shell: S.A.C. GIG i 2-të. Majorja kiborg femër Motoko Kusanagi është larguar nga Seksioni 9 i Sigurisë Publike, një njësi elitare kundër-terroriste dhe antikrim e specializuar në luftën kibernetike, e cila është zgjeruar në një ekip prej 20 operativësh në terren me Togusa që vepron si drejtues në terren.