Kenshin është vendosur në jetën e tij të re me Kaoru dhe miqtë e tij të tjerë kur ai është afruar me një kërkesë nga qeveria Meiji. Makoto Shishio, një ish-vrasës si Kenshin, u tradhtua, u dogj dhe u la i vdekur. Ai mbijetoi dhe tani ndodhet në Kioto, duke komplotuar me luftëtarët e tij të mbledhur për të rrëzuar qeverinë e re. Kundër dëshirës së Kaoru, Kenshin pa dëshirë pranon të shkojë në Kioto dhe të ndihmojë që vendi i tij të mos bjerë përsëri në luftë civile.