Profesori Charles Xavier dhe ekipi i tij i superheronjve të talentuar gjenetikisht përballen me një valë në rritje të ndjenjave anti-mutant të udhëhequr nga Kolonel William Stryker. Storm, Wolverine dhe Jean Grey duhet të bashkohen me armiqtë e tyre të zakonshëm - Magneto dhe Mystique - për të hequr skemën e Stryker për të shfarosur të gjithë mutantët.